牡丹在我国已有1900多年的栽培历史。汉代以药用植物记载于《神农本草经》；隋代，北方已大量种植；唐代，盛植于长安；北宋，洛阳牡丹为天下冠；南宋，牡丹种植中心开始南移，四川的天彭牡丹继起，有“小洛阳”之称。天彭牡丹之后的亳州牡丹也曾经盛极一时。再后来“亳州寂寥，而盛事悉归曹州”（《曹县志》）“至明，曹州牡丹甲于海内”（清朝苏毓眉的《曹南牡丹谱》）。“曹南”即指今菏泽一带。
菏泽牡丹栽培始于何时已难于查考。早在南宋就记载，至明朝的嘉靖年间，栽培已盛。到了清代更加兴盛，栽培面积已达千亩，曾建牡丹园数处，尤以“桑篱园”“凝香园”“绮园”最为著名，菏泽牡丹在中国牡丹发展史上独领风骚500余年，现在菏泽牡丹栽培面积已达12万余亩。《曹南牡丹谱》载：“至明曹南牡丹甲于海内。”清代即有“曹州牡丹甲天下”之说。
菏泽牡丹是在明清以来风格不一、大小不等的十几处牡丹园的基础上发展起来的，如清朝道光年间的赵氏园、桑篱园，创于明代的毛花园，以及当时的铁藜寨花园、大春家花园、军门花园等。当时的县志记载：“每至仲春花发，出城迤东，连阡接陌，艳若蒸霞”。同时，让牡丹冬季开放的技术也在清代道光年间问世，成了菏泽花农的一门绝技。花农通过严格控制温度、湿度、调节光和空气，使牡丹隆冬发育，春节怒放。
菏泽牡丹的种植面积十分广阔，历史上种植面积最多时曾达五千亩，一九七六年调查还有三千多亩，单是城东的“曹州牡丹园”就占地一千亩，目前菏泽牡丹种植约十二万余亩。每年四月中旬至五月上旬花期时
解放后，在党和政府的大力支持下，菏泽牡丹不断发展。传统品种延绎不断，新育品种日益增多。如今，菏泽人民又研究成功了“大田催花”技术，人工控制牡丹的花期，可使其四季开花，并通过了国家级鉴定。目前，种植面积已达两万余亩，为全国最大的牡丹生产、科研基地。一九八二年，在赵楼、李集、何楼牡丹集中产地修建了“曹州牡丹园”，王梨庄恢复了以编制松艺动物为特色的“古今园”，洪庙新辟了具有传统品种的“百花园”。
近年来，菏泽供应外地的牡丹每年都有几十万株，品种达200余个，除销往广州、深圳、上海、北京、洛阳、西安、等各大中城市和港澳地区外，还远销日本、朝鲜、苏联、美国、加拿大、澳大利亚等十几个国家和地区。
菏泽市牡丹栽培历史悠久，明代已负盛名。蒲松龄在其《聊斋志异》里就有“曹州牡丹甲齐鲁”之说，并写下了葛巾玉版的神话故事，后又有“菏泽牡丹甲天下”之称。解放后，特别是改革开放以来，富有历史传统的曹州牡丹进入一个全新的发展时期。目前，我市牡丹种植面积已达12万多亩，品种多至1237个。历史上形成的包括药物学、植物学、园艺学、地理学、文学艺术、戏剧曲艺、民俗学等多科在内的牡丹文化，是中华民族文化的组成部分。
菏泽牡丹属中原牡丹种群，花色丰富多彩，花型千变万化。现在菏泽牡丹已经发展为花色有粉色、红色（含紫红色）、紫色、蓝色、黄色、白色、黑色、绿色、复色总九大色系，各色系有深、淡、浓之分。根据花朵形态和雌雄进化程度，分为单瓣型、荷花型、菊花型、托桂型、蔷薇型、金环型、皇冠型、绣球型、干台阁型、楼子阁型共十个花型。
菏泽牡丹有1100多个品种，各色系的菏泽牡丹都有名贵品种，如“掌花案”花开似火，红光灿，为红色之魁；“酒醉杨妃”红装素裹，低头掩面，暗送秋波；“梨花雪”开若梨花，雪白一片，称白中之冠；“昆山夜光”花开奇白，黑夜依然，古谓之“灯笼”；“姚黄”金楼千层，世称花王；“青龙卧墨池”如龙卧墨，黑中之奇；“冠世墨玉”黑紫如缎，洁而有光；“蓝绣球”开如绣球，蓝色之冠；“赵粉”粉面桃花迎人笑，郁郁芳香飘四野；“粉二乔”粉紫同株，双娇可爱；“魏紫”色紫浅淡多娇艳，古老品种称“花妃”；“娇容三变”初开时碧绿，盛开时红艳，将谢时素白，十日三变，堪称奇品……菏泽也是中国最大的牡丹生产、科研、观赏基地，牡丹的种植面积、科研培植、观赏出口当称世界之最。
