新疆伊犁河谷的土壤因水热状况不同，垂直分布非常明显，既有高山冰川、山地草甸土、山地森林土又有山地黑土、栗钙土、棕钙土、草甸土等。且大部分地方水草充足，气候温和，日照时间长，这些独特的自然环境，为伊犁中药材的种植提供了良好的场所。
根据伊犁州药监部门和农业部门的普查，在伊犁河两岸，不管是高山草甸带，还是中低山地带点均有药用价值很高的植物分布，如：高山凤毛菊、雪莲、高山红景天等200多种药用植物，在雪岭云杉下的中低山和山前冲积平原一带，还分布着种类繁多的党参、天山野罂粟、木贼麻黄、山楂、菊芭、土木香等，有些药用植物是伊犁特有的，如伊犁贝母、新疆秦艽等，伊犁河谷中药材资源不但分布广泛，而且品种繁多，蕴藏量大。据州药监局调查，这里至少有1000多种药用植物，是新疆药用植物分布最多的区域，且部分中药材为稀有品种，极具开发价值，目前该局已着手拟定伊犁州中药材开发建议。
在伊犁中药材开发有很好的基础，伊犁州农村有许多农民早有采集、种植和加工地产中药材的历史和经验，20世纪70年代末，伊犁州中药材生产曾经有一段兴盛的历史。如霍城，巩留、伊宁县广泛种植伊犁贝母和红花。新源、巩留县不少乡镇都试种过甘草、黄芪、板兰根和柴胡。伊犁制药厂还生产过伊犁特有产品鹿角胶和雪莲酒等，生产的一些中药材不仅满足了本地的需求，还销往全国各地，直到现在，伊犁贝母雪莲、肉苁蓉、红花等仍有中药材市场上的热销货。
从市场前景看，中医草药是我国人民医疗卫生保健体系的重要组成部分，目前全世界约有80%以上的人口应用植物药进行治疗，年销售额在200亿美元以上。在我国加人WTO以后，因为知识产权问题对化学药品生产研究有较大的冲击，而传统中药却获得了良好的发展机遇，况且种植中药材的成本低，许多品种是地道的地产药材，据资料显示，仅今年前4个月，新疆中药材出口额就达到500万美元，比去年同期增长45%，出口市场增势强劲，在目前种植业朝着突出区域布局方向发展的时候，在不同的适宜区，发展种植中药材种植前景非常看好。
尽管伊犁河谷拥有丰富的药用植物资源，但目前的产业开发还处于无序状态，这些状态突出表现在：中药材的种植，生产和销售处于低水平状况，生产与营销脱节，农户、基地、企业之间脱节，更谈不上产业化。伊犁几家较大的药材公司，近几年基本停止对中药材的收购，其生产开发仍处于起步阶段。“大资源，小企业”的状况没有根本改变。据记者了解，伊犁还没有像样的中药材加工和收购企业，种植、收购环节处于“散兵游勇”状态，不少农民还处在盲目种植阶段，常常忽视选种、间苗、追肥和排灌等田间管理，致使一些中药材种植出现品种老化，质量不稳定现象。此处，由于各级政府重视不够，投入和服务措施不到位，加上从是中药材种植的技术人员极缺，农民又缺乏正确的引导，对市场把握不准，致使伊犁的中药材种植长期在低水平开发中徘徊。
值得一提的是，伊犁河谷有许多纳人保护范围的濒危野生中药材资源，由于群众的药材资源保护意识和法制观念薄弱，长期过度采挖，致使部分野生药材资源不同程度地被破坏，这些品种已处于严重衰退甚至濒临灭绝的境地。如雪莲、贝母和阿魏等已面临枯竭。甘草、肉苁蓉、麻黄等资源已明显减少，尤其是不合理的土地开发，造成了许多地方森林，草场等野生药资源的适生环境的破坏，危及了药用植物的生存和繁衍。20世纪80年代，伊宁县拜什墩农场，农四师67团荒漠草原是曾有丰富的野生阿魏、肉苁蓉生长，如今被采挖的所剩无几。20世纪60—70年代，在1500多米的高山上就能采集到雪莲，现在退缩到3000米以上的雪线以上，这些珍贵的野生药材已到了濒危灭绝的境地。
