新疆野苹果是我国经济林资源中唯一天然的基因库，也是世界野苹果基因库的重要组成部分，具有重要的科研和保护价值，许多古老苹果品种均由此选育而成。近年来，由于人为活动的干扰和虫害的危害，新疆野苹果自然种群数量和分布面积日益减少，已处于濒危和灭绝的边缘。为对新疆野苹果种质资源进行有效保护，并在保护的基础上开发利用优良的种质基因依托其发展新疆特色经济林产业，是一项措施有效的途径。不仅维护了这个濒临危机的基因库，同时也对加速新疆生态建设步伐，推动林业产业发展进程具有重要的现实意义。
新疆野苹果的果实形状、大小、颜色和果柄长度等形态性状的变异系数均在10以上，表现出较丰富的遗传多样性，3个居群的变异趋势基本一致，尤其是本文首次对巩留县莫合乡库尔德宁居群果实形态性状进行调查研究，其中单果重的变异幅度为9.95～47.47g，变异系数29.71，形状有扁圆形、近圆形、圆形和圆锥形等，果皮颜色有绿、黄、橘黄、粉红、红和深红等，具有栽培苹果的典型特征.上述结果支持"新疆野苹果可能是栽培苹果祖先种"的结论； 对巩留县莫合乡的新疆野苹果78个实生株系果肉组织Ca、Mg、Fe、Zn、Cu、Mn6种矿质营养元素进行测定的结果表明：每种矿质元素含量单株间差异显著，变异系数在24.2～54.0，遗传多样性丰富，进一步选择的潜力很大； 根据新疆野苹果果实形态、香味物质和矿质元素含量等的测定结果，初步筛选出了大果型、高钙型、高锌型和大马酮型等4个特异性状单株；调查发现，由于农田开垦、过度放牧以及苹果小吉丁虫的蔓延危害，目前伊犁野果林面积逐年减少，野苹果固有的繁育体系和遗传多样性受到不同程度的破坏.为此，本文提出了建立新疆野苹果原生境保存、异地保存、离体保存和利用保存等多层次保护保存体系的建议。
